Todos os formatos de video que estejam configurados para serem visualizados no modo "download progressivo" são suportados (AVI, WMV, FLV, etc). Somente não são suportados videos com download em modo streaming. Caso você utilize algum formato desconhecido pelo servidor, não esqueça de configurar corretamente os Tipos MIME em seu painel de controle.
Obs.: Para arquivos FLV você deverá criar um player em SWF, que irá controlar o filme em FLV e deverá ser inserido em sua página em HTML.